Santa Elena se ubica geográficamente en la Sierra de las Navajas, llamada así por sus yacimientos de obsidiana. Este «vidrio volcánico» ha sido apreciado y utilizado desde la época prehispánica. La explotación y talla de la obsidiana se intensificó con el surgimiento de Teotihuacán (100 a.C.-700 d.C.) y esta actividad se refleja en que en Santa Elena actualmente se encuentran puntas de flecha y vestigios de obsidiana.

Santa Elena fue parte de la Hacienda de San Juan Hueyapan. La historia de esta Hacienda comienza con Pedro de Paz, un pariente de Hernán Cortés, que fundó Hueyapan a fines del siglo XVI. Un siglo más tarde la Hacienda ya se había desintegrado parcialmente y parte de las tierras comenzaron a ser utilizadas por los pequeños propietarios y arrendatarios así como por las poblaciones indígenas.

A fines del siglo XVII se comenzaron a refinar los minerales en el Valle de Hueyapan. En esa época el conde de Regla compró la Hacienda para esos fines. La Hacienda pasa de dueño en dueño, se va cambiando la actividad minera por la agrícola con José Landero quien compra la Hacienda a fines del siglo XIX. Durante este periodo se construye la presa de San Carlos con el fin de apoyar las actividades agrícolas. Ya en el siglo XX continúan actividades de agricultura, ganadería y comienza el aprovechamiento forestal.

Buscando una manera alternativa de conservar Santa Elena se comenzaron a organizar actividades al aire libre, de ecoturismo y deporte de aventura, realizarse trabajos de conservación e investigación en conjunto con la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo y de la Universidad Nacional Autónoma de México. Se ha contado con apoyo de CONAFOR y SEMARNAT para varios proyectos de reforestación, restauración de suelos, pago por servicios ambientales, plantaciones forestales y ecoturismo. Se cuenta con la certificación de la Norma mexicana de Ecoturismo Sustentable NMX-133-AA-SCFI-2013 y en 2021 se registró ante la CONANP como un Área Destinada Voluntariamente a la Conservación.