Santa Elena se encuentra situada cerca de Huasca, Hidalgo, a una distancia de 119 kilómetros al norte de la ciudad de México en una región montañosa llamada la Sierra de las Navajas.
Un denso bosque de pino-encino, que alberga una gran cantidad de fauna y flora, rodea tres cuerpos de agua: la Presa de San Carlos, Las Vigas y el Agua Azul.

El clima es templado subhúmedo con lluvias en verano C(w2) y temperatura media anual de 14.5°C. Temperatura del mes más frío entre -3 y 18ºC y temperatura del mes más cálido menor a 22ºC. Precipitación total anual de 770 mm con precipitación promedio del mes más húmedo (septiembre) de 160 mm y del mes más seco (diciembre) de 10 mm (Datos de la estación meteorológica de Huasca).

El sistema hidrológico corresponde a la subcuenca del río Metztitlán que desemboca al río Moctezuma, perteneciente a la Región Hidrológica del Pánuco, el cual vierte sus aguas al Golfo de México. Uno de los principales afluentes de este sistema es el río Hueyapan que abastece a la presa de San Carlos que se encuentra dentro del Conjunto predial.

Santa Elena se ubica geográficamente en la Sierra de las Navajas (parte del eje Neovolcánico) que conforma un macizo rocoso orientado E-W al sur del municipio de Huasca.

Bajo las tobas (rocas ígneas volcánicas porosas) descansan rocas de composición riolítica de la “Formación Navajas” consistentes de lavas del Terciario superior que afloran al sur

de la Formación.

La Sierra de la Navajas es llamada así por sus yacimientos de obsidiana. Este «vidrio volcánico» ha sido apreciado y utilizado desde la época prehispánica.

La explotación y talla de la obsidiana se intensificó con el surgimiento de Teotihuacán (100 a.C.-700 d.C.) y hasta la fecha se extrae el material de esta Sierra. En Santa Elena aún pueden encontrarse puntas de flecha de obsidiana vestigios de épocas antiguas.